曹操又開始頭疼時，下人給他送來茶水，他突然認(rèn)出端盆的下人正是那天試麻沸散的人，他被曹丕砍斷的手腕綁著繃帶還在滲血。曹操見他安然無恙才知道錯怪了華佗。這時有下人來報說曹沖病危。曹操連忙趕去，曹沖已奄奄一息。曹操命人趕緊傳華佗，一旁的吳成告訴曹操華佗已死。曹操大怒，痛斥曹丕乘自己酒后亂言假傳命令，下令要將曹丕處決。

小甄作為太醫(yī)一直站在一旁，此時他突然站出來為曹丕說情，說他都是受了吳成的蒙蔽。他痛斥吳成是個卑鄙的小人。他說吳成把天來暗插在父親身邊，以致害死父親同時置曹操當(dāng)時處于危險境地。吳成巧言令色百般狡辯，小甄頓時啞口無言。哪知曹操之前從天來那里已經(jīng)得知了詳情，知道小甄所言非虛，他怒斥吳成要殺了他。吳成走到窮途末路向曹丕求救，曹丕如今自身難保趕忙與吳成撇清關(guān)系。吳成被侍衛(wèi)拖了出去。

此時華佗已被拖至刑場，在路上他遇到了雙目失明行乞的甄依柳。華佗為了給她生的希望，謊稱自己要陪魏王出征，等他回來幫她治好眼睛。甄依柳頓時燃起新的希望。吳成在被拖到刑場的路上，眾太醫(yī)向路人陳述吳成的罪行，太醫(yī)們和路人紛紛向吳成投菜葉和雜物，吳成如過街老鼠一般。

刑場上，華佗和吳成這一對冤家相遇，真是事事難料，他們最后竟然還結(jié)伴而行。眾鄉(xiāng)親自發(fā)地到刑場集體跪地向行刑官求情，讓他幫華佗說情。獄卒帶著明心趕到，在眾人的哀求下，監(jiān)斬官允許華佗為明心拆下眼上的紗布。明心重見光明，但華佗卻即將被處斬。兩人好不容易盼到的幸福轉(zhuǎn)瞬即逝。這時獄卒跪地向華佗認(rèn)錯，他沒有保管好《青囊經(jīng)》以致只剩半部。華佗坦言，只要心存一顆治病救人之心，這尚存的半部經(jīng)書足矣。接著華佗曾幫助過的鐵匠以及在曹操營中救過的大寶，他們和獄卒一起三人齊刷刷地跪地向華佗表示愿意拜他為師學(xué)習(xí)他的仁心仁術(shù)。華佗甚感欣慰。

而跪在華佗旁邊的吳成沒有一個人為他送行。這時甄依柳從人群中擠出來，她抱著一壇酒來為吳成送行。她恨吳成，可同時她在名義上還是吳成的妻子。她的仁義之舉終于讓吳成流下了悔恨的淚水。明心扶持著甄依柳，讓她和自己一起好好地活下去。

吳成直到最后一刻才認(rèn)識到自己的錯誤，才感慨自己機關(guān)算盡壞事做盡得到的一切都成了過眼云煙，到現(xiàn)在自己回到起點一無所有。他希望華佗死后見到惠娘能幫自己說一聲對不起。華佗含笑看著吳成，雖然他們都將走到生命終點，但最后一刻吳成能悔過他也覺得善莫大焉。此時，時辰已到行刑官宣布行刑。

曹操在此后的太醫(yī)甄選時告誡新晉的太醫(yī)們，醫(yī)術(shù)很重要，醫(yī)德卻更重要，只有心懷天下蒼生，將患者看作自己的父母兄弟姐妹或兒女，才會在醫(yī)治患者時有眾生平等之心。眾太醫(yī)受益匪淺。

華佗臨刑前收下的幾個徒弟果然如他們所言，潛心學(xué)醫(yī)，懸壺濟(jì)世，造福四方蒼生。一日，一醫(yī)者背著行囊在路上行走，看背影似是過去四處游歷行醫(yī)的華佗。等他回過頭來竟然真的是須發(fā)皆白的“平生只有兩行淚，半為蒼生半美人”的華佗！

（全劇終）