夜神月是一個普通的大學生，他跟當刑警的父親總一郎以及妹妹妝裕共同生活。除了會觀看去彌海砂的演唱會之外，精力都放在了學業跟打工上。

某天，他高中時期的同學佐古田突然出現，這個曾經的少年犯威脅月的好友鴨田。月雖然試圖阻止佐古田，但是卻被他被奪走了手機。就在回家的路上，月看到天上掉下來了一個筆記本，筆記本名為“死亡筆記”，并且“只要在上面寫名字，名字的主人就會死”。對此月感覺只是個玩笑，就寫上了佐古田的名字，結果第二天接到了佐古田死掉的消息。

佐古田的死讓很多人感到高興，而月盡管感到很恐懼，不過也產生了一種奇妙的感覺。這時候又發生了一個事件：月的父親總一郎10年前逮捕的犯人奪走了警察的手槍，并且闖入了民宅。為了民眾安全總一郎自己作為了人質。為了將父親從危機中救出，月再度拿起了本來要扔掉的死亡筆記。最終，雖然拯救了父親的生命，但月依然產生了罪惡感。

這時候死亡筆記真正的主人、死神流克出場，對月說：“用不用這個筆記是你的自由。那么你想要怎么辦?夜神月。”在之后一個月里，月使用筆記的力量不斷殺死兇惡的犯人，他在網絡上被譽為“基拉”，成為了大家心目中的英雄。不過國際刑警組織認為情況非常嚴重，于是邀請了謎團重重的名偵探L來到日本，同夜神總一郎等人共同展開調查。