草薙號與大天使號飛上了宇宙。草薙號接舷完畢，船員們為了補給與整備，航向因戰亂而化成廢墟的L4殖民地。此時，拉克絲在殖民地以全體市民為對象做地下廣播，秘密進行反抗活動。其影響力連薩拉議長也大感棘手，派出搜捕的憲兵也全都無功折返。另一方面在地球，地球軍雖然奪取歐普的質量投射裝置不成，卻也搶回了維多利亞基地，成功拿下進出宇宙的途徑。地球軍在打敗扎夫特MS部隊后，想乘勢收回宇宙，以新型MS部隊為主力，用質量投射裝置將物資發射上空，想要展開大規模侵略行動。阿茲萊爾總合手上三架鋼彈的戰斗記錄，察覺到自由與正義鋼彈使用的動力之秘密，企圖得到這兩架鋼彈。此外，阿斯蘭下定決心，為了解父親的真意，離開了大天使號，獨自飛返殖民地…。