孔慧媛是在和父親分手后，被姜潤(rùn)城帶人綁架的。

此時(shí)孫旻虎把孔慧媛帶到杜正宇面前，吳正煥得意地要杜正宇放了吳景民。杜正宇卻要他先放孔慧媛，并且告訴他，吳景民的心理醫(yī)生文在雄就是預(yù)告殺人案的兇手，而孫旻虎早就知道，卻向吳正煥隱瞞。

兩方終于說(shuō)好，孔慧媛和吳景民一同被放開(kāi)，走向?qū)Ψ健５瓤吹絽蔷懊癜踩耍瑓钦裏ㄍ蝗蛔兡樢窒氯プタ雌饋?lái)單槍匹馬的杜正宇。哪知突然從遠(yuǎn)處射來(lái)一串子彈，嚇得打手們匆忙后退。原來(lái)那是藥廠老頭躲在高處開(kāi)槍，他年輕時(shí)是軍人，槍法很好。

吳正煥他們被鎮(zhèn)住了，杜正宇則帶著孔慧媛?lián)P長(zhǎng)而去。

李志旭來(lái)找杰米，給她看一份資料，上面是一位叫劉權(quán)的軍長(zhǎng)，當(dāng)年他對(duì)白夜村事務(wù)介入得最深，但在慘案那天失蹤了，沒(méi)有死亡記錄。

而李志旭又拿出一張照片，是白夜生物科技的前身白夜生命工學(xué)研究所開(kāi)創(chuàng)時(shí)的合影，里面也有劉權(quán)。然后他告訴杰米，劉權(quán)的女婿就是吳正煥。

杰米用網(wǎng)絡(luò)地圖搜尋與文在雄幾次見(jiàn)面的便利店周邊，她判斷文在雄可能就住在這一帶，但一無(wú)所獲。她來(lái)到特搜隊(duì)，去發(fā)現(xiàn)里面人去樓空。她去找黃炳哲，他說(shuō)特搜隊(duì)已經(jīng)決定解散，辦公室要騰出來(lái)。

張志苑和尹碩弼也在等待分配中。杰米找到他們，仍然要與兩個(gè)人合作抓罪犯。

在地下藥廠，孔慧媛問(wèn)杜正宇，招自己加入特搜隊(duì)，是不是因?yàn)樗母赣H？杜正宇回答說(shuō)，最開(kāi)始是，但現(xiàn)在不一樣了。這時(shí)他突然發(fā)病暈倒，雖然很快緩醒過(guò)來(lái)，但知道自己時(shí)間不多了。

就在這時(shí)，武裝軍人突然進(jìn)入地下藥廠所在的建筑。孔慧媛這才檢查自己身上，發(fā)現(xiàn)被人偷放了跟蹤器。

軍人投擲煙霧彈后進(jìn)入地下藥廠，卻反被杜正宇利用煙霧的掩護(hù)，將他們一一放倒。然后和孔慧媛、老頭逃走。孔慧媛問(wèn)杜正宇，吳正煥為什么一定要抓他，杜正宇回答，因?yàn)槲抑酪粋€(gè)秘密。

他們?nèi)フ夷俏慌块L(zhǎng)，一番斗嘴之后，杜正宇告訴了女部長(zhǎng)自己掌握的案情，問(wèn)她難道不該阻止一下？

女部長(zhǎng)思考片刻后，問(wèn)杜正宇，你想要我做什么？

文在雄要張龍植晚上九點(diǎn)把孫旻虎約來(lái)，這是不是要?dú)O旻虎？

吳正煥身體的老化在加速，他再一次服藥后，來(lái)到實(shí)驗(yàn)室找曹賢熙。曹賢熙則說(shuō)實(shí)驗(yàn)還需要十四歲一下孩子的血清，不然連吳正煥現(xiàn)在吃的藥都沒(méi)辦法生產(chǎn)。

吳正煥又對(duì)孔一道說(shuō)了自己綁架孔慧媛?lián)Q取吳景民的事，孔一道第一次對(duì)他產(chǎn)生了恐懼。

女部長(zhǎng)這時(shí)接到了孫旻虎的電話，告訴她預(yù)告殺人的兇手約自己見(jiàn)面，可能殺他。女部長(zhǎng)轉(zhuǎn)頭把這事告訴了杜正宇和孔慧媛。

李志旭在電視報(bào)道了白夜村是當(dāng)年軍方介入的人體實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目。他的辦公室隨即搬空，節(jié)目也被停了。

杜正宇和孔慧媛又來(lái)到藥廠老頭的另一處地方，老頭已經(jīng)查到市郊有一家建筑購(gòu)買了高容量的應(yīng)急發(fā)電機(jī)，除非搶救要死的人才會(huì)買這種東西，秘密研究所應(yīng)該就在這里。

杜正宇要孔慧媛去文在雄可能殺死孫旻虎的地方。他估計(jì)為了防止孫旻虎被殺，白夜財(cái)團(tuán)方面的人應(yīng)該會(huì)集中在那里。而他將趁機(jī)去那幢買高容量發(fā)電機(jī)的建筑，爭(zhēng)取找出秘密研究所。

夜晚，杜正宇來(lái)到那幢建筑，走進(jìn)地下層，發(fā)現(xiàn)里面有一大堆標(biāo)示著不同年份的罐子。他打開(kāi)一道門，走過(guò)里面長(zhǎng)長(zhǎng)的走廊，看到空空的病床，手術(shù)室，顯然研究所已經(jīng)轉(zhuǎn)移，杜正宇痛苦而憤怒地喊叫起來(lái)。而這一切，都被曹賢熙用監(jiān)控屏幕看到了，杜正宇也發(fā)現(xiàn)了正在工作的電腦攝像頭。兩個(gè)人通過(guò)鏡頭面對(duì)面，杜正宇關(guān)閉電腦。而這時(shí)那個(gè)吳正煥的一號(hào)打手出現(xiàn)，他剛在外面處理孩子的尸體，也是第一次知道這里是秘密研究所，但不知道研究所已轉(zhuǎn)移去哪里。他帶杜正宇看了孩子的尸體。

這時(shí)候杰米要尹碩弼幫忙搞到便利店附近的監(jiān)控視頻，搞到之后，發(fā)現(xiàn)文在雄進(jìn)入了張龍植的網(wǎng)站大樓，決定去那里看看。

夜晚，孫旻虎來(lái)到網(wǎng)站大樓，女部長(zhǎng)帶警力監(jiān)視著。

孔慧媛和杰米他們也來(lái)到大樓下面的停車場(chǎng)，在那里相遇。

九點(diǎn)快到了，房間里喝過(guò)酒的張龍植突然出現(xiàn)中毒反應(yīng)，原來(lái)文在雄已經(jīng)給他下毒，看著他毒發(fā)身亡。然后文在雄走出房間，卻在外面被姜潤(rùn)城他們用麻醉飛鏢射中倒地，將他帶走。

女部長(zhǎng)發(fā)現(xiàn)有車輛急速離開(kāi)大樓，發(fā)現(xiàn)不對(duì)勁，急忙一邊命人追車，一邊自己進(jìn)入大樓。

而這時(shí)孔慧媛、杰米他們找到了孫旻虎，卻發(fā)現(xiàn)他安然無(wú)恙。接著女部長(zhǎng)他們也來(lái)了。這時(shí)杰米從房間里的一張合影照片想起，張龍植就是幫助自己、杜正宇和文在雄逃走的大人。當(dāng)年的張龍植不是實(shí)驗(yàn)對(duì)象，只是白夜村里面干雜活的。

警方繼續(xù)搜查，發(fā)現(xiàn)張龍植已死。

這時(shí)文在雄也醒了，發(fā)現(xiàn)自己被鐵鏈拴在墻上，吳正煥出現(xiàn)，張龍植生前也把文在雄的秘密都告訴了他，并且建議他搶先攻擊文在雄。

姜潤(rùn)城給文在雄注射了藥劑，待他暈過(guò)去后，從他的身上提取了血樣，準(zhǔn)備制作血清。但這時(shí)吳正煥他們頭頂?shù)臒艄馔蝗幌缌耍闹茼懫鹆硕耪畹穆曇簦灰惶?hào)打手帶了過(guò)來(lái)，將其他打手大都放倒。就在這時(shí)，曹賢熙出現(xiàn)，對(duì)杜正宇說(shuō)，許久不見(jiàn)了，我的兒子。杜正宇一愣神的工夫，一號(hào)打手向他射出麻醉飛鏢。原來(lái)這一切都是吳正煥他們策劃好的。