在東京大田區位于羽田機場附近的街區有家舊書店名叫“九十九堂”，店主是九十九櫻。舊書店的深處有一間休息室，在那里，阿櫻為無處可去的顧客們提供免費的親子飯。離家出走的少女二宮淺見每天與正木理惠等人做著不法行為，昏昏噩噩地打發著日子。

這天晚上，她們為躲避壞人逃到公園。就在二人腹內空空時，理惠想起聽說附近有個免費吃親子飯的地方，于是她們找到九十九堂。在休息室里有從少年院出來后為幫妹妹實現偶像夢而努力工作的君冢達也，有擅長畫畫卻患有人際交往困難癥的玉軒玄，還有不良少年和孤獨癥患者。對于突然到訪的淺見和理惠，阿櫻并不深究她們的來歷，而是端出溫暖的親子飯。但當淺見提出借宿一晚時，阿櫻卻斷然回絕了。淺見被親子飯的美味感動，偶爾還會來休息室。

這天，在休息室，她向達也說了自己的身世。她一歲時差點被生母所害，是一個高中生服務員救了她，但那個少年卻受連累被殺。聽到這話，阿櫻呆呆地僵立在那里。實際上，阿櫻的兒子正是因卷入那個案件而死的。