朱允炆讓齊泰和黃子澄以后要做什么事知會自己一聲，哪怕是母妃那邊的吩咐，也要告訴自己。同時，他命人去告訴藍玉，若想脫身，只能攀咬，把這件事鬧大，鬧大到連陛下也不敢輕舉妄動。藍玉身體力行，立刻開始攀咬主審官詹徽，污蔑他在都察院口腹蜜劍，是個兩面三刀的小人，更是自己的黨羽。詹徽擔心一旁的齊泰會聽信藍玉的話，一再阻止無果，最終承認與藍玉有牽連，結果被齊泰命人剝去官服，下獄聽勘。

齊泰又從藍玉口中確認其與曹震、詹徽都有關聯，此案涉及朝中官員甚多，齊泰不敢擅專，遂稟明陛下。朱元璋讓錦衣衛指揮使蔣瓛對一干人等全數一體緝拿。道衍看得明白，他告訴朱棣，陛下之所以捉拿十三位侯爵等人，是為了敲打這些功勛權貴，畢竟皇太孫尚且年幼。至于給藍玉出主意的這人，擺明了是要讓藍玉這個莽夫死無葬身之地。朱允炆去求朱元璋饒了藍玉，連額頭都磕青了，可這卻更加讓朱元璋下定決心要殺藍玉。

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洪武二十六年，一代名將涼國公藍玉以謀逆罪下錦衣衛獄，朱元璋遂借此再興大獄涉案官員，計十三位侯爵、兩位伯爵及吏部尚書，朝中功臣宿將牽連殆盡，是為明初之藍玉案。此大案后，朱元璋下令裁撤錦衣衛，焚其刑具，錦衣衛千戶以上者，前往晉王軍中效力。遠在北平的朱棣，始終在想該怎樣才能讓父皇允許妙云帶三位兒子回來。諸位世子協同皇太孫一起批閱奏章，可燕世子對其中一份錯字甚多的奏章并未打回去。

朱元璋問其原因，這才知道這份奏章是一位武將轉文官的官員所寫，本來大字不識一個，但如若和文官一起比，倒有失公允。朱元璋倒也沒再說什么，讓朱高熾陪自己出去走走，答應讓他和妙云盡快回去和朱棣團聚。洮州叛亂，朱元璋命秦王帶兵前往洮州平叛。妙云聽朱高熾說陛下準允他們回北平，她卻毫無喜色，在她看來，這絕非是一個好消息。秦王平叛前上表，不求賞賜，只希望父皇能放過王月憫。

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誰知天公不作美，秦王平叛時染上了瘴疫，命不久矣。他撒手人寰前，把王月憫托付給另一個王妃，但王月憫沒有茍活，在秦王朱樉的靈柩前舉刀自殺。朱元璋追封朱樉為愍王，許王月憫與秦愍王合葬。朱元璋將妙云叫進宮，叮囑了她幾句話，讓她帶幾個太醫回去，給燕王將養，而微胖的朱高熾，也要調養。

公元1396年，洪武二十九年，朱元璋令朱棣兵進塞北，發動了洪武年間，明廷對漠北北元勢力的第八次，也是最后一次大規模進攻。戰場廝殺，終將這持續了十幾年的明廷和北元之間的戰爭，畫上了句號。朱元璋收到加急捷報時并無意外，直接讓人歸檔了。不久后，朱高熾的妻子誕下一子。