(49-54集) 政明遭誣蔑判亂之罪被處死前，托人將一封信交給睿珍表明愛意。并告知許浚，睿珍對其早已暗有情愫，使他恍然大悟。許母、多喜到張大夫處為良太提親，誰知受拒絕外更被出言侮辱。右相成大人被調任為都提調大人，道知向其行禮時提及禮壽和許浚的事，自討了尷尬。道知被指派負責診治恭嬪弟弟金禮直的“口眼歪斜”癥。同時間許浚亦在惠民署診治同樣病癥。道知為能引人注意提高聲望，故將治愈時間說長為七天。都提調到惠民署巡視時，重遇許浚時剛巧見到他正在醫治“口眼歪斜”癥，聽到治愈時間只需三天后，心中對禮壽和道知都起懷疑。 禮植的病復發，成大人向醫官確認禮植提早治愈的事，得知這是禮壽和道知想提高聲望的做法。許浚在惠民署治好了患有口眼歪斜癥的患者，成大人看過許浚在惠民署寫的病歷簿后，知道是禮壽夸大禮植的病情，感到非常生氣。成大人命許浚進宮治療禮植的病，許浚在看診過程中不斷受到禮壽和道知的阻撓。睿珍起用許浚寫的處方，令道知感到不快。道知命醫女世希拿酒到值班室，兩人酒醉后發生關系。許浚治療禮植期間，禮植多番不服從。許浚送上湯藥時，禮植將其刺傷，此事被前來探望的恭嬪看見。 許浚為禮植送上湯藥，卻被其刺傷。許浚診斷出禮植有胃癌的征兆，而道知與禮壽只顧著治療禮植的口眼歪斜癥，并沒有察覺此事。道知和禮壽為免受罰，勸說許浚將此事隱瞞，但都遭到了許浚的拒絕。看著淑貞為道知生下了女兒，多喜對流產的事仍耿耿于懷。許浚向皇上稟報了禮植患有胃癌的事情，并承諾在五天內將禮植的病治好。 浚向皇上承諾五天內治好禮植的胃癌，否則會受到斬掉雙手的懲罰。禮植出現吐血現象，眾人認為是病情惡化，但許浚卻解釋說是病情好轉的跡象。當各人為許浚擔心不己時，五天的期限已到，許浚被抓往內醫院受罰。鄭判官及惠民署眾醫官為許浚求情，睿珍甚至激動得暈倒過去。禮壽正想對許浚進行處罰，卻傳來了禮植痊愈的消息。皇上為了獎賞許浚及幫助治療禮植的人，賜予了賜饌。 許浚治好了禮植的病，皇上和恭嬪娘娘高興萬分，分別下賜［賜饌］和一幢房子。恭嬪娘娘召見許浚家屬，并希望許浚任醫官，照顧兩位皇子的玉體，在許浚的懇求下，恭嬪娘娘收回成命。光翼將尚華和秀延送到漢陽，叫許浚收尚華和秀延為都藥使令和醫女。御醫大人為勉勵許浚在任惠民署醫官期間的功勞，破格提升許浚為正七品的[直長]職位。道知因為與醫女私通款曲，而被派跟隨使節團前往中國的別遣大夫。(55-60集) 對于道知被調往中國任別遣大夫一職，柳夫人和道知都認為是許浚個人所為，對許浚非常不滿。許浚帶著忌酒前往道知家拜祭義泰，卻發現多喜在道知家做傭工，而且遭到柳夫人的打罵。柳夫人因為道知被降為別遣大夫而臥病不起，病情緊急，許浚為了報答義泰的教導之恩，決定前往道知家為柳夫人治病。 吳氏因為道知要被派遣到中國而過于悲傷，得了血崩病。睿珍到柳家探望吳氏時遇見許浚，許浚將吳氏拒絕他醫治之事告知睿珍，睿珍請紅春幫忙照顧吳氏。淑貞由于日夜守在吳氏身邊，勞累過度病倒了。許浚說服吳氏，讓他為吳氏治病。經過許浚和多喜悉心的照料，吳氏的病很快得已痊愈。吳氏親自來到許家送禮致謝，多喜拒絕收取吳氏的禮物。中國的使節團將到訪漢陽，內醫院準備挑選醫女服侍來使。 小賢和睿珍被挑選去服侍中國的使節。睿珍不愿意如藝妓般服侍來使，留下寫給許浚的遺書后自殺。睿珍因搶救及時得已活命，而宮女卻將睿珍的遺書交給尚宮，尚宮以此要挾睿珍就范。服侍來使當夜，睿珍用酸棗仁治好了來使的腹痛，得到皇上的嘉獎。皇上在狩獵時不慎墮馬，許浚為皇上醫治時重遇當年追捕他的裴天壽。天壽到惠民署找萬慶敘舊，認出了許浚。 天壽將許浚當年所犯的罪行告知萬慶，萬慶不相信此事，但從許浚口中得到證實。天壽命人暗中調查許浚的身世及家屬的情況，令許家上下憂慮不安。黃海道一帶的瘟疫正迅速蔓延各地，許浚被派往疫區。萬慶要天壽隱瞞許浚的罪行，天壽卻執意趕往黃海道尋找許浚。由于疫病猖獗，需要惠民署選派醫女增援，睿珍、彩仙等人被選中前往疫區。 一路追捕許浚的捕盜廳裴天壽在黃海道與許浚相遇，許浚坦言自己就是在平安道龍泉從事走私并與兩班貴族的女兒深夜私奔的人。許浚向裴天壽請求，等到自己找到治愈怪疾的辦法再捉他。怪疾擴散速度很快，許浚回想起山陰地區發生怪疾時，催促自己逃離的義泰，還有當時發誓冒死也要救百姓的自己，不免慚愧。許浚終于想出藥方，百姓們服用后，脖子上的浮腫開始降下去，病情有了好轉。這個消息也傳到了禮壽的耳中。(61-66集) 道知擔任別監醫師時，從太恩那里得知母親病危的消息卻沒有前往醫治。后來他得知許浚醫好了母親的病，要給許浚送謝禮，但遭到許浚的婉拒。許浚告訴萬景自己曾經參與走私、并與兩班貴族的女兒結婚的事情。在捕盜廳，許浚將自己以往的罪過一一交代，并稱自己為了彌補過失，會盡心為百姓治療，這話讓天壽左右為難。事態擴大，許浚被捕入獄。正當許浚在獄中萬念俱灰之時，看見多喜也被士兵捉進監獄。 萬景責備天壽捉許浚的事，天壽解釋說因為內醫院提督禮判大人的命令，自己也是迫于無奈。恭嬪得知許浚被捕入獄的消息，求宣祖看在許浚為百姓治療怪疾、為王子們醫治病患的份上赦免許浚。宣祖認為許浚功大于過，下令赦免。但眾大臣紛紛上書問罪許浚，宣祖迫于壓力只好同意捕盜廳將許浚押送到義禁府。恭嬪懇請宣祖饒恕許浚。仁嬪認為恭嬪是出于私人感情為許浚求情，干涉政務，發誓決不會輕饒恭嬪。 恭嬪患心痛病，負責治療的禮壽無計可施，宣祖急命臣子將獄中的許浚宣進宮中。許浚用義泰曾經教給自己的針灸法醫治，恭嬪終于脫離危險。許浚說心痛病是可致命的重病，不可有一絲馬虎，宣祖將醫治恭嬪的任務交給許浚。朝廷眾臣卻以許浚是犯人為由，向宣祖上訴不可讓許浚承擔王室的醫療。因為許浚治愈了恭嬪的病，宣祖有意赦免許浚，但擔心眾大臣又提出反對意見，所以擅自下達赦免許浚的御令，并宣告說若是有人不從，將被認為是對大王不忠。紅春患了一種怪病，這種病只有與男人結婚才能治愈，周邊的人紛紛勸紅春與吾根結婚。 為了治愈恭嬪的病，小賢來到藥材庫，發現那里除了給仁嬪準備的藥材，其它都是次等品。小賢請道知從仁嬪的藥材中減一些給恭嬪熬制湯藥，卻遭拒絕。其它尚宮得知此事，紛紛嘲笑小賢。而尚宮毆打小賢的情形正好被恭嬪和許浚碰見。仁嬪以懷孕反應激烈為由，拒絕接見恭嬪，甚至都不出門看一眼。此時恭嬪才嘗到失去宣祖寵愛的滋味，對以前自己深受宣祖寵幸時中宮殿的心情有所理解。恭嬪終于明白舍棄無味的欲望，心情會開心很多的道理，并將王子托付給許浚。另一方面，紅春與吾根成婚，結束了醫女生涯。 由道知負責診療的仁嬪之子信成君的腫瘤越來越嚴重，已經擴散到了脖子部位。道知擔心自己治不好，因此，道知向禮壽提議應該將信成君交給許浚治療。許浚和學徒一起查看信成君的患處，學徒擔心這樣會陷入道知的陰謀當中，便勸許浚不要接這一任務。許浚卻固執己見，要親自醫治信成君。剛開始，許浚用手幫信成君擠膿時發現發膿的部位很深，決定用水蛭吸膿。許浚在信成君的每個患處都放了水蛭，信成君昏倒。仁嬪見到這一情形，大聲喝斥許浚立即將水蛭拿開。許浚說只有這個辦法才能醫治好信成君得病，并堅持用水蛭吸膿，這讓仁嬪憤怒不已。(67-70集) 許浚治好信成君身體里的膿瘡，宣祖將許浚的官職提升到正三品堂上官，道知心中因此耿耿于懷。此時倭寇侵犯，釜山淪陷，朝廷大臣們為是否要逃難發生爭執。有大臣以宣祖病重，而國中不能沒有大王為由，提議將光海君冊封為世子。仁嬪對此一口拒絕，大臣們威脅說宣祖大王也許可以躲過戰亂，但世子卻很難擺脫戰亂的所帶來得影響，因此應將活命放在第一位。大臣們勸仁嬪說世子是趁戰亂匆忙冊封的，根本就沒有時間經過大明國的同意，因此應該退讓一步為以后著想。 朝廷終于決定丟下京城避難，許浚主張應該將宮中的珍貴醫書和疾病備忘錄也帶走。因為是避難，朝中沒有一個人愿意將沉重的醫書帶出宮外… 浚在回家的路上被憤怒的百姓攔截。百姓將對不顧國家安危的大王和貴族們的憤怒，發泄在許浚身上。萬景大聲指責百姓，認不出一心一意為大家治病的許浚。此時，謙兒則趕往宮中尋找父親，路上獲悉宮中上下因為避難而逃到漢陽的消息，只好回家。謙兒對不顧家庭的父親充滿怨恨。等許浚趕到家中時，家人已經全都逃離，房間里卻擺著冒著熱氣的飯菜。許浚在飯桌旁邊發現了多喜留下的一張紙條，上面寫著已經得知許浚已經跟隨御駕逃離的消息，勸許浚不必為家人擔憂，希望日后一家人能團聚。宣祖、仁嬪、光海君等人在天壽和其它官員的護衛下乘船逃離，百姓們看見這一情形個個都充滿埋怨和憤怒。等到大王和大臣們的船渡過了河，天壽以擔心倭寇也會渡江為由，將船只全部燒毀。岸邊的百姓對此憤怒不已，一時之間，憤怒和恐懼籠罩全城… 謙兒和多喜經歷千辛萬苦來平壤城尋找許浚，被柳道知看見。柳道知告訴多喜，許浚自從背著內醫院的醫書，跟御駕離去后一直沒有消息。多喜和謙兒回去之后，許浚一行背著醫書來到平壤，楊禮壽對許浚說沒有人會理解他的執著。仁嬪等人指責許浚，將醫書看得比大王的龍體還重要，并說許浚是因為害怕所以才逃跑的。只有光海君對許浚的生還表示慶幸，并勸許浚趕緊去打聽家人的下落。許浚找尋家人來到城外難民區，發現了正在吃手抓飯的衣衫襤褸的多喜和孫氏。謙兒露出埋怨的表情、躲避父親許浚，多喜和孫氏對此大感驚訝，而許浚的心里也是很不好受。謙兒指責說，家里人在最艱苦的時候也是為父親擔憂，父親卻沒有將家人的安危放在心里，只想著醫術，一次都沒有想過母親和奶奶所受的苦難。 信成君發高燒病倒，宣祖大王責問柳道知當時拍案保證信成君可以平安到達義州之事。宣祖表示信成君若是出現什幺不測，他決不會放過道知。盡管道知百般努力，信成君還是未能逃過死亡，仁嬪和宣祖悲痛萬分，道知被捕入獄。宣祖病危，光海君命許浚速去義州查看宣祖的病情。許浚對謙兒充滿歉意，自責自己未能盡到為父的義務。許浚來到義州，發現宣祖的病情嚴重惡化，而且用于湯藥的藥材也時所剩無幾。睿珍得知這一事情，想出了應急措施，立即趕往木炭窯精煉木草液。宣祖的病情稍微有了些轉機，許浚以自己在來義州的路上被倭寇傷到右手為由，提出建議讓柳道知為宣祖做針療。因為許浚，柳道知得以離開監獄，幫宣祖診脈。 祖的病勢有了好轉，許浚得到宣祖贊賞，許浚卻將功勞推給道知的針療。宣祖欲以信成君之死問罪道知，因為許浚在旁再三懇求，決定不再追究道知的責任。從宣祖的殿中出來后，道知向許浚下跪言謝，請求他原諒自己以往所犯下的過錯。許浚稱因為自己的原因，道知和父親才會斷絕父子關系，而且自己還阻礙了道知的仕途。許浚扶起道知，并提議兩人都忘掉以往的一切，重新成為好朋友。吾根和睿珍為兩人的重歸于好而喜出望外。有了李舜臣、權栗和各地的義兵運動，叛亂終于被壓，許浚更加專心于醫書的編撰。戰亂后遺癥慢慢得到解決，宣祖大王獎賞再戰亂中立下功勞的大臣。許浚被封為屬于政丞官品的正一品保國崇祿大夫。反對派想通過撤掉對許浚的獎賞徹底顛覆這次的封賞，開始調查許浚的過去。(71-75集) 宣祖大王問睿珍是不是真的和許浚互相愛慕十幾年。睿珍含淚稱自己從心底里尊敬和戀慕許浚，但從未將此事告知他人，將來也不會泄漏此事。宣祖大王被睿珍的真情打動，不顧大臣們的上訴，將許浚任命為正一品保國崇祿大夫。宣祖39年，中宮殿仁穆王后產下醫子，宣祖和部分大臣大喜。世子光海君和世子嬪以及其親信大臣們卻露出了失望的表情。道知向許浚告誡，王后產下王子后，后宮所生的光海君將難保世子之位，朝廷大臣也會在王位繼承人選的問題上出現分歧，因此若是不明確自己的立場，會成為政治斗爭的犧牲品。許浚卻覺得，身為醫官應該盡職盡責，不應管政治等其它東西，這讓道知郁悶不已。此時，財政出現危機，朝廷中斷提供醫書編撰所需的資金。許浚同時接到永昌大君中風、光海君犯頭痛病的消息，為究竟要先去醫治誰的病而猶豫。 許浚為了醫好光海君所患的瘧疾，命人用砒霜、食鹽和雨水制一種叫辛石水母的湯藥。許浚將藥端到光海君處，明杰用銀制品沾取藥水，銀制品馬上變成了黑色。光海君和世子嬪大驚失色，許浚解釋說只要處方得當，毒藥也可以變成良藥。許浚懇請光海君服用湯藥，光海君經過一番思想斗爭，不顧旁人反對喝下了湯藥。眾醫官威脅說若是光海君身體出現不適，熬制湯藥的吾根也將難逃干系，這讓吾根焦慮萬分。光海君一方認為許浚已與永昌大君勾結，不少人都主張懲治許浚。光海君的病況看起來越來越嚴重，每個人手里都捏著一把汗。屬于光海君的對立方的孔良和成弼見許浚給光海君開了放由砒霜的藥方，暗暗密謀用增加湯藥的砒霜量的方法殺害世子光海君，并將責任推給許浚。當道知將加入多量砒霜的湯藥端到光海君處事，光海君正好從昏迷狀態中醒來。許浚十分感激光海君對自己的信任，并考慮到光海君的身體虛弱，改用補氣滋陽的湯藥。大王的病情加重，已經很難治愈，朝廷大臣們卻只顧議論光海君和永昌大君的王位繼承問題。 祖病勢加重，永昌大君的近臣成弼等人懇請大王廢后宮所生的世子，讓大君繼承王位。宣祖認為讓剛滿三歲的永昌大君繼承王位會引起朝廷騷動，因此決定讓光海君繼承王位。成弼和孔良等人試圖堵住大殿內醫女和御醫兩人的嘴，阻止光海君登上王位。兩人威脅許浚，稱大王逝世的話，其主管御醫都很難擺脫干系，因此只要許浚裝做什幺都不知道，永昌大君就肯定不會忘了他的功勞。許浚稱這樣搞陰謀會壞了宗廟社稷，拒絕與他們同流合污。這時宣祖大王逝世，未留下遺詔。許浚因未能醫好大王的病，被流放到南方。 浚被流放到南方，禁止他跟外人接觸，并不得以任何理由離開流放地。一名男子來找許浚，稱早已知道許浚曾經是御醫，請求他救救生病的母親。許浚以自己是被流放的罪人為由拒絕行醫，但最終還是未能對病人不管不顧。病人痊愈，村子里的人獲知這一消息后，紛紛來找許浚看病。許浚一再拒絕為人看病，但百姓們再三懇求，并稱決不會向外部泄露這一事情。這時官衙的士兵突然來到。因為士兵頭目的夫人也是有病在身，再加上百姓們得懇求，許浚得到默允為病人治病。另一方面，道知將醫書和內醫院的研究資料寄給許浚，命他繼續撰寫醫書。許浚終于完成醫書的撰寫，將此書命名為《東醫寶鑒》。光海君見許浚在流放地撰寫醫書，完成醫書體系，赦免了他，并希望許浚重回漢陽。許浚不顧大王的挽回，回到故鄉承繼師父柳義泰的藥房，從事單純的醫療和著述工作。村里開始流行怪疾，許浚不顧自身安危救治病人，不幸染上怪疾。許浚將藥材全部讓給其它病人，耽誤了自己的病情，在救人時不幸病逝。睿珍站在許浚的墳前流下傷心的淚。