在與潛入學(xué)校的恐怖分子搏斗后，藤丸最終得到了抗病毒劑。但是，病徵出得很早的英還沒(méi)有來(lái)得及注射藥劑就氣絕身亡了。藤丸認(rèn)為英的死全部都是自己的錯(cuò)，陷入了悲痛的深淵……

另外一方面，J為首的恐怖分子襲擊了拘留所，成功救出了教祖神島紫門(mén)，并開(kāi)始實(shí)行最極端的病毒計(jì)劃{BLOODY MONDAY}.

渡過(guò)了朋友的死，堅(jiān)定了戰(zhàn)斗信念的藤丸和「THIRD-I」協(xié)力與恐怖分子面對(duì)面。"最后的星期一"，藤丸究竟能不能夠拯救朋友、東京和地球嗎?還有一個(gè)就是，因?yàn)镴而逐漸明朗的事實(shí)，追逼著藤丸。