蘇軾到登州五日便又因升任為起居舍人回到京城。蘇轍也從筠州鹽監升為右司諫。司馬光推薦呂公著為戶部尚書，外貶曾布，在廢除了《青苗法》后又要廢除《免役法》。蘇軾從維護國勢爭等方面歷陳理由，勸說司馬光不要廢除《免役法》，反令司馬光認定蘇軾是王安石之黨，二人不歡而散。政事堂內，章惇據理力爭、慷慨陳詞，力駁劉摯、王巖叟等，盡言《免役法》不可廢之理，司馬光無奈只好決定將兩種議論同時上奏太皇太后。劉摯等無力反駁章惇，卻責問蘇軾袖手旁觀，蘇軾提醒他們討論國家大事，不能把個人恩怨攪在其中。劉摯等便在背后罵蘇軾忘恩負義。章惇向太后彈劾司馬光為報私怨，盡廢新法，不想卻被太后嚴詞斥責。章惇感覺局勢不妙，找到蘇軾暢談，并將自己的兩個兒子托付給蘇軾，請他代盡教化之責，蘇軾慨然應允。