被小賢消滅的數碼暴龍原來是由神秘女人利用黑暗之塔所變成的。小賢就以前作為暴龍改造者時的行為重新向孩子們道歉，但拒絕了大輔的邀請成為同伴而獨自離去。他希望一力承擔自己的罪孽……孩子們繼續重建數碼世界的工作，但對于逐漸明朗化的事實就不能整理好心情。但是那些追擊他們的數碼暴龍……新的危機正向數碼世界迫近。原來是暴龍改造者的基地中的黑暗力量將會發生大爆炸！為了阻止爆炸，需要知道善良徽章，大輔發E-mail叫小賢來，但是卻沒有回音。雖然伊織他們仍不能信任小賢，但大輔仍然繼續等待小賢。最后他終于趕到，然后兩個人的心互相重迭，奇跡的進化就發生了，V仔獸EX與飛蟲獸合體進化成了完全體的機甲龍獸。