V仔獸EX與飛蟲獸合體進化成機甲龍獸，力量比大古加獸還強，令大家覺得不可思議。大家進入暴龍改造者的基地，將善良徽章插進動力室。動力室雖然停止運作，但是爆炸卻仍未停止。小賢發現管道，于是順著管道找。他們發現了動力室能量的來源，阿武和小光感到有黑暗力量。原來那里是黑暗世界的入口，而且那里馬上就要爆炸了。就在最危急的時刻，機甲龍獸打敗了大古加獸，并擊毀了來源。回去以后的第二天，光子郎與他們討論了合體進化的事，并確立了敵人——神秘女子。