共同抱著保護萊拉的目標，女巫沖破教會飛艇的重重封鎖，飛進阿斯里爾開啟的裂隙。李則逆流而上，在葉尼塞河源頭，大片沼澤中心尋找到了失蹤已久的格魯曼博士。格魯曼就是約翰·佩里，當年，他一心撲在研究上，就算要穿越裂隙前往其他世界，他也毫不猶豫。可當他想回家時，身后的路已關閉。而李想得到的那個東西，也正是他所尋求的。

相傳三百年前，有個哲學協會研究原子之間的聯系，并根據掌握的知識制造出一把匕首，名為魔法神刀。這把匕首只要在合適人的手上，就能割開世界之間的通道，此人被稱為持刀人。

格魯曼需要的就是這把匕首，再交給阿斯里爾就能回到家人身邊。可一提到阿斯里爾，李就心生警惕。萊拉是個好女孩，她的父親卻是個自私的家伙。在得到格魯曼再三保證后，李才帶著格魯曼返回薩莫斯基附近叢林，坐上庫爾特夫人藏在里面的氣球，趕往斯瓦爾巴特群島。

此時，博雷爾正密會庫爾特夫人。之前，他以資助人身份找過瑪麗院士。誰知瑪麗聽到，將來還會有軍方投資，便拒絕合作。博雷爾弄巧成拙，只得去找庫爾特夫人。等萊拉回來取真理儀時，就能控制萊拉，弄清楚瑪麗院士的研究項目。但這么做的后果，就是博雷爾不得不把無人知曉的“窗戶”，透露給庫爾特夫人。庫爾特夫人滿懷驚異，穿過“窗戶”，先到了喜鵲城。在被妖怪發現前，博雷爾迅速領著她再次穿過另一個“窗戶”，前往另一個牛津。

博雷爾和庫爾特夫人都沒想到，他們找尋的萊拉，此刻就在喜鵲城。萊拉和威爾望著城中尖塔一籌莫展，實在想不出該怎樣進入這座沒有門戶的建筑。在城里尋找其他小孩打聽時，潘注意到角落一扇木門上的裝飾，與尖塔四周的天使雕像一模一樣，只是尺寸小了許多。二人推門進去，走過長長的甬道，來到一間方方正正的大廳。大廳擺滿書籍，像是某個古老協會遺址。從形狀和方位來看，威爾相信，這里就是尖塔地基。

向上進入尖塔主體，威爾和萊拉驚訝的看到一位老人手腳被縛倒在地上。老人叫賈科姆，是持刀人，可魔法神刀已被搶走。正說著，一道黑影撲了過來。威爾和萊拉急忙躲開，這才看到一個年青人手持匕首，面色不善。因魔法神刀極為鋒利，能切開世間所有物體，包括無形之中的妖怪。年青人搶神刀的目的，就是為了保命。

刀鋒所過之處，無堅不摧。威爾再如何小心，仍被削斷了右手無名指和小指。誰知賈科姆精神大振，鼓勵威爾搶奪匕首。原來賈科姆也是經過戰斗才得到匕首，右手同樣沒有無名指和小指。這就是真正持刀人的標記，說明威爾有資格得到魔法神刀。

有萊拉和潘的協助，威爾終于奪下神刀。可一旦神刀離開尖塔，賈科姆就將失去保護屏障，成為妖怪的食糧。賈科姆卻無所畏懼，找到新持刀人，他的使命就已終結。他指導威爾集中意念，切開通道，再歸刀入鞘，用手指關閉通道。隨后，還叮囑了四個要求，打開的通道必須關閉，不得交給他人，不能用于卑鄙用途，必須保密。

離開尖塔，回到暫停地，萊拉很難平靜。威爾才是匕首的真正主人，很難啟齒讓他用匕首換回真理儀。威爾早已想好的解決辦法，他會和萊拉一起回去，把真理儀偷回來。這個主意雖不是最好的，但卻是目前情況下最可行的，萊拉不由得松了口氣。

然而事情的發展遠非萊拉想象得那么簡單。就在拒絕博雷爾的資助后，瑪麗沮喪的坐在實驗室，陷入迷茫。耳邊突然響起一個聲音，屏幕上的波紋劇烈顫動。暗物質回答了瑪麗的每一個問題，它就是萊拉所說的塵埃，也是人類記載的神靈、天使。它干預人類進化，讓人類成為萬物之主，目的只有一個，復仇。