森林中，匪徒麥斯憑著自己的地理優勢，他們將前來的國際刑警一舉擊敗，就連凌風也中了麥斯的招，從高處摔落在地。另一邊，國際刑警傾巢而出，另一拔匪徒趁機偷襲警局，成功地將坦克救出。凌風醒來，他渾身狼狽地來到河邊，突然一道身影靠近了凌風，凌風憑著自己的本能向來人射槍，直到轉身之時，凌風這才發現自己射中之人竟然是樊毅。樊毅掉下河流，凌風想抓住樊毅卻無濟于事。恰逢馬來西亞正在遭受著全日蝕，凌風在河邊暈倒過去。

五天后，凌風在香港醒來，他從醫院口中得知他整整昏迷了五天，且體內有一種不名的毒素。這時，簡文珊帶著重案組的成員怒氣洶洶前來質問凌風，他們從一名殉職警官的身上搜出了一份影片，影片里清楚地看到凌風射殺了樊毅。凌風不相信樊毅已經死亡，警員稱他們雖未找到樊毅的尸體，可已經在下游找到了他的衣服。除此之外，警方還在凌風的家中搜出了兩百萬現金，凌風的身上有過吸毒的痕跡，他們懷疑凌風勾結毒販，出賣情報，且殺害樊毅。凌風沒有做過這些事情，但全警局都不肯相信他，他只好保持緘默，一心想見自己的律師。

簡文珊獨自回到家中，她想起了自己與樊毅度過的點點滴滴以及樊毅給過自己的浪漫驚喜，心中更加難過，誓要找出殺害樊毅的兇手。病房中，凌風回想起在馬來西亞的一切，也驚覺自己在拉著樊毅衣服的時候聽到了避彈衣撕扯的聲音。

樊毅下落不明，簡文珊從鑒證科得知，樊毅必定無法生還。凌風開槍已成事實，簡文珊認為凌風必是殺害樊毅的兇手，康警官出言替凌風說話，認為凌風定不可能做出這種事情，可簡文珊卻只認證據。凌風的傷勢已經無礙，簡文珊想將凌風押回警局繼續扣留，凌風將樊毅可能穿著避彈衣的事情告訴簡文珊，簡文珊卻不相信，執意將凌風押回警局。途中，凌風借著要上洗手間為由逃離了簡文珊的抓捕，簡文珊知道后立即命人搜捕凌風。

簡文珊跟蹤凌風的妹妹阿雪，凌風扮成出租車司機前來見阿雪，他借阿雪之口讓她轉告簡文珊，他自認清白，所以他一定會查清樊毅的事情給簡文珊一個交待。簡文珊將凌風的動作告知劉警官，她不僅懷疑凌風要逃去馬來西亞，更是懷疑起了毒品調查科的清白，看到簡文珊的的沖動，劉警官出言勸誡簡文珊，切莫情緒用事。隨后，重案組成員調查起了水港的船只，他們從一個線人的口中得知，凌風將在今晚四點乘青衣洪勝船廠的船離開香港。

夜晚，凌風來到約定地點，可卻細心地發現警局的人正埋伏在碼頭邊，他通知船上的人員先行開船離開。簡文珊察覺不妙，她帶著人攔下船只，可上船搜查卻一無所獲，只好悻悻收隊。看到簡文珊的離開，凌風方才現身，他乘坐快艇趕去與船只會合，前往馬來西亞。

吉隆坡，凌風前來找阿光，這才得知自己的事情連累了阿光，阿光已經被警局革職。阿光想做回警察，凌風勸說阿光幫助自己，簡文珊手上的影片少了一些鏡頭，他想拿回影片的正本，從中找出線索。影片的正本在在國際刑警辦公室，阿光想做回警察心切，他假意帶著凌風前來見國際刑警的同事，實則是想抓捕凌風。幸虧凌風反應敏捷，機靈地從阿光的手上逃脫。

凌風逃脫的事情傳到了康警官與劉警官的耳中，劉警官無奈一嘆，稱簡文珊也借以休假為由，獨自一人飛往了馬來西亞，二人只希望簡文珊在馬來西亞不要過于情緒用事。馬來西亞 ，阿光回到家中，卻意外看到凌風拿槍對準了自己的妻兒，凌風從阿光的口中得知了影片還有另一個鏡頭之后便離開了阿光家，不再勉強阿光。

簡文珊前來國際刑警大廈見郭警官，在郭警官的幫助下，簡文珊可以參與樊毅的案件，但卻沒有任何執行權。郭警官向簡文珊透露，除了香港警方得到的那段影片之外，香港警方還得到了另一段影片，但這段影片受損嚴重，警方正在努力修復。簡文珊在等待影片修復的期間，她想見一見阿光，可阿光因凌風入侵家中一事而報了警，現阿光正接受警方24小時的監督，簡文珊不便去見阿光。這條線索被中斷，簡文珊只好提起了黑市酒吧的老板，她與凌風同期受訓，所以她十分清楚凌風的查案手法，凌風一定會去酒吧逼問酒吧老板的下落。

郭警官與簡文珊一齊來到酒吧，凌風看到二人的身影，他查一半只好匆忙離開。簡文珊從店員的口中得知凌風已經來過酒吧，她與郭警官匆忙搜查。凌風打電話給簡文珊，他明確地告訴簡文珊，他從來都沒有害過樊毅，所以他一定會證明自己的清白，簡文珊不相信凌風，卻再一次被凌風逃離。

簡文珊將自己的手機交給國際刑警，讓國際刑警監聽自己的手機，若是凌風再打電話過來，警方可以靠定位找到凌風的位置。簡文珊對凌風十分熟悉，她篤定凌風下一個地點一定會回到案發現場的金保河。為了抓捕到凌風，簡文珊與郭警官一同來到金保河，他們在河邊發現了凌風的身影，簡文珊要求凌風跟她一同回警局，可凌風卻執意不肯回去，他深知，若是他現在回了警局，非但證明不了自己的清白，更是找不到樊毅。