一名“邊緣檔案部門”的團隊成員被攻擊，恐怖生物學家David Robert Jones再度回歸。巨力公司的創始人，沃爾特另類科研方面的舊搭檔威廉·貝爾博士終于現身。與此同時，沃爾特·畢舍普博士再度失蹤，觀察者帶沃爾特回到他曾經居住的房子找回記憶，并要求沃爾特利用穿越平行宇宙的裝置補上兩個世界之間的洞，從而保持世界之間的平衡。