孫中山抱病北上，李大釗發動社會力量，組織了盛大的歡迎儀式。孫中山的病情加重，他指派李大釗為國民黨中央政治委員會成員，參與他在北京的重要工作，李大釗全力以赴，聯絡各方力量。孫中山病逝，李大釗參加治喪并親自抬棺、守靈。李大釗加強了對國民黨左派的聯合工作，與右派組成的“西山會議派”進行面對面的論戰，由于他的影響，國民黨“二大”在廣州召開，繼承了“一大”的路線，沒有出席會議的李大釗再度當選國民黨中央執委。李大釗在深入農民之中考察時，最先看到了農民對于中國革命的重要性，提出了建立農民武裝的主張。他主持成立了內蒙古工農兵大同盟，并當選為主席。由于直、秦系軍閥對國民軍的聯合攻擊，加上帝國主義的支持，北方處于白色恐怖之中，三﹒一八慘案后，中央要求李大釗向南方轉移，但李大釗堅持留在北京繼續工作，李大釗關閉了國共兩黨的領導機關，搬到了蘇聯大使館西院的一個舊兵營內。北京的白色恐怖更嚴重了，反動軍閥加緊了對革命者的迫害，京報社長邵飄萍被槍殺。