楊漣和魏忠賢斗了讓這么多年，盡管百姓對魏忠賢的罪行人人皆知，可只有見到皇上才能徹底除掉魏忠賢，否則就是一紙空文。皇上剛上朝，魏忠賢就跪在宮門外大呼冤枉，皇上趕忙把他叫到一邊，魏忠賢哭訴自己當年舍命救皇上的壯舉，想辭官回家，皇上卻毫不領情，質問那二十四宗罪是否屬實，魏忠賢矢口否認，還讓薛公公把那本奏折念給皇上聽，皇上擔心有詐，就派太監王體乾去文華殿找一份楊漣參奏魏忠賢的折子，并讓他一一讀出來，沒想到王體乾拿到的也是魏忠賢派人修改的那一份，里面的二十四宗罪都是雞毛蒜皮的小事，皇上當場赦免了魏忠賢，還對他好言相勸，讓他繼續留在宮中效力。

袁崇煥關寧防線已經牢不可破，祖大壽的騎兵隊也厲兵秣馬，初見成效，孫承宗決定派兵向錦州方向挺進，然后再向北延展，一直把努爾哈赤的地盤全部吞并，滿桂卻提出異議，想把努爾哈赤的部隊引到寧遠，然后一舉殲滅，可袁崇煥卻覺得努爾哈赤不可小覷，而且還有范文程輔佐，不能孤注一擲，只能一點點挺進，孫承宗卻覺得努爾哈赤最怕的拖，程本直提議先用袁崇煥的計劃拖住努爾哈赤，直到他彈盡糧絕，在按照蠻貴的方案一舉殲滅他們，孫承宗同意他的提議。

楊漣沒有扳倒魏忠賢，他已經徹底心灰意冷，魏忠賢開始了大肆報復行動，把那些彈劾過他官員全部處死，魏忠賢為了感謝王體乾的救命之恩，派崔御史給他送去金銀珠寶。崔御史翻遍了文華殿的奏折，發現孫承宗報給兵部的奏折有問題，立刻拿來交給魏忠賢，孫承宗在奏折里暗示魏忠賢在背后指使杜英魁貪墨一案，崔御史提議就告孫承宗，熊廷弼和楊漣等人結黨營私，企圖謀反，眼看楊漣大勢已去，就來個殺人滅口，也就坐實了孫承宗避重就輕的罪名，魏忠賢決定先除掉楊漣等人，還故意為他請功，讓皇上對他進行封賞，等事情辦妥，在全力以赴對付孫承宗。魏忠賢派人去抓楊漣，他早就等候多時，還為自己準備了棺材，梁廷棟來楊府，正好看到楊漣被抓走了。魏忠賢還下令封鎖消息，絕不能讓孫承宗得知此事，袁崇煥順利攻下錦州城，孫承宗很開心，他們三年前的夙愿終于實現了，袁崇煥想在城門立上百門大炮，就可以防范努爾哈赤來犯。

梁廷棟冒死出關，向孫承宗一一匯報了楊漣等一百多官員被殺的事，他立刻帶兵返回京城。魏忠賢得知此事，知道自己危在旦夕，只好先下手為強，向皇上求救，口口聲聲稱孫承宗帶兵謀反，逼宮篡位，皇上堅信孫承宗的為人，魏忠賢擔心孫承宗回來殺他，苦苦哀求皇上救命，皇上不勝其擾，只好讓孫承宗帶兵回遼東。

代善親自帶兵攻打錦州，離錦州還有80里安營扎寨，趙率教立刻派人向袁崇煥請求支援，袁崇煥派滿桂去錦州側翼設伏。代善等二貝勒阿敏還有十里的時候對錦州開始進攻，袁崇煥早已做好了戰斗準備，他一聲令下，百門大炮一起拉響，代善的兵馬被炸得人仰馬翻。魏忠賢得知孫承宗只帶了一個書生，現在已經到了通州，魏忠賢立刻派許顯純趕過去傳皇上諭旨，讓孫承宗立刻返回上海關。

許顯純向孫承宗傳達了皇上的諭旨，孫承宗氣得咬牙切齒，梁廷棟猜到魏忠賢就是想激怒孫承宗，擔心此去京城兇多吉少，苦苦規勸他不要冒險。二貝勒打退了滿桂的兵馬，袁崇煥讓謝尚哲帶騎兵把阿敏銀刀錦州城下，他又讓羅立把城樓的打炮集中起來，一旦代善再次攻城，就全力以赴炮轟他們，可是火炮剛剛炸膛，不能重復使用，袁崇煥親自點燃炮彈。

孫承宗只好和梁廷棟返回山海關，可他很不甘心，覺得沒有臉面見楊漣等人，梁廷棟對他好言相勸，勸他回去主持遼東局勢。魏忠賢本想讓許顯純激怒孫承宗，斷定他一定會到京城大鬧，魏忠賢就趁機治他的罪，沒想到孫承宗竟然返回山海關，他很不甘心，客氏提議趁機除掉楊漣等人，以絕后患，許顯純連夜帶人來到詔獄。