隱形航班中的神秘囚犯名叫西蒙，原是神秘組織管理者手下的得力干將，由于生性不服管教，被組織關押起來。邁克爾作為組織認定的西蒙的繼任者，不僅檔案中被加上了西蒙所犯的種種惡行，同時被列入黑名單，蒙受著不白之冤。

此次西蒙花大價錢越獄出來，以炸毀酒店為威脅，希望用邁克爾做誘餌，誘捕管理者，找回自己過去的生活。邁克爾聯系到管理者之后，表示希望共同抓捕西蒙歸案。然而管理者對西蒙的輕視使自己落入了西蒙手中，邁克爾不惜駕車與西蒙相撞，并在管理者再次表示接納自己入伙的時候手下留情，沒有殺死坑害自己的西蒙，希望借此打入神秘組織內部。

同時，聯邦調查局警探為抓捕邁克爾，對其母瑪德琳威逼利誘，并最終在街頭將邁克爾和西蒙捕獲。然而不久之后，幾個神秘人物將邁克爾領走，聯邦調查局也對此無能為力。邁克爾經過幾番周折，最終摘下頭套時，發現自己坐在一個陌生的房間內，不知道自己將面對的是什么樣的未來。（第三季完）