為了防范使徒再來，真嗣進行著EVA的操作訓練，同時也轉學到第三新東京市的學校就讀。在上課時，老師講到第二次浩劫的歷史事件。可是同學們都不專心，在臺下偷偷的玩用電腦網絡聊天。真嗣被套出他是EVA 駕駛員，在班上立刻成為受歡迎的人。但同班的鈴原東治卻對他大打出手，這是因為他的妹妹在EVA 與使徒的戰斗中受牽連而受傷。不一會，第四使徒來襲，真嗣將從避難所里出來觀望的東治與劍介救入駕駛倉，并無視美里的撤退命令，用高振動粒子刀擊退了使徒。