為了與碇唯再會而被制造出來的綾波麗，在與碇源堂約定之時，來到了NERV底層中央教條的紅色水池邊。無論是作為容納碇唯靈魂的容器或是“人類補完計劃”的道具，她的命運也會就此結束（再生？），而已感到自我靈魂存在的麗的抉擇是…… 在戰自的攻擊之下，葛城美里不但要完成加持良治未完成的對“第二次浩劫”真相以及“人類補完計劃”的探查工作，還要保護真嗣與明日香以及防備Seele對初號機與二號機的物理接觸，她的忙碌直至被戰略自衛隊的流彈擊中為止……