只要接觸到，就連精神也會被其侵蝕的第十六使徒，將綾波麗的零號機捕獲，而明日香因為同步值低下而無法操作二號機。于是，元渡啟動凍結中的初號機去為麗解圍。但是，麗為了保護真嗣，開啟了自爆程序與使徒同歸于盡。而當真嗣正為此痛苦的時候，麗又出現在他面前…… 當夜，因被元渡出賣、意志消沉的律子，將真嗣與美里帶到了制造麗的器械面前……