天才少女明日香，從小就背負著有一個自殺的、精神失常的母親的命運。隨著近來明日香的同步值不斷下降，她擔心自己被強迫調離EVA駕駛崗位的日子也會隨即而來。于是，第十五使徒出現時，她便不顧命令主動出去迎擊使徒。但在受到使徒的精神攻擊后，她的精神幾欲崩潰，無法作戰。最后，由麗駕駛零號機使用隆基亞斯之槍將位于衛星軌道上的使徒擊潰……