在一次實驗中，NERV本部的電力供應忽然中斷，僅有的后備電力被用于維持MAGI系統。正當NERV處于一片混亂時，第九使徒由海岸登陸。與第三新東京市內的真嗣、麗與明日香，聽到國聯的警報后，努力尋找可到NERV的通道。同時，元渡他們用自己的手為EVA的發進作好了準備。三機發進后，聯合作戰成功地擊毀使徒。