在一次實驗中，NERV本部的電力供應(yīng)忽然中斷，僅有的后備電力被用于維持MAGI系統(tǒng)。正當NERV處于一片混亂時，第九使徒由海岸登陸。與第三新東京市內(nèi)的真嗣、麗與明日香，聽到國聯(lián)的警報后，努力尋找可到NERV的通道。同時，元渡他們用自己的手為EVA的發(fā)進作好了準備。三機發(fā)進后，聯(lián)合作戰(zhàn)成功地擊毀使徒。