第三新東京市，在多次經(jīng)受使徒侵襲之后，到處是戰(zhàn)斗遺留下來的廢墟。在夕陽西沉的湖邊，真嗣遇見了一位少年，他就是由SEELE送來的第五適格者—— 渚薰。經(jīng)過心靈的溝通，真嗣對這位少年產(chǎn)生了好感，但渚薰的真實(shí)面目卻是第十七使徒。他帶領(lǐng)著二號機(jī)，來到NERV地下的亞當(dāng)處。但在追來的真嗣面前，他卻要求真嗣將他殺死……